In de Jacobskerk vinden we het prachtige monumentale Naber/Metzler orgel:
De dispositie van het Naber (1831)-Metzler (1970) orgel is als volgt:
| Hoofdwerk | Rugwerk | Pedaal |
| Bourbon 16' | Gedekt 8' | Subbas 16' |
| Prestant 8' | Prestant 4' | Prestant 8' |
| Holpijp 8' | Roerfluit 4' | Roerquint 6' |
| Octaaf 4' | Octaaf 2' | Octaaf 4' |
| Spitsfluit 4' | Gemshoorn 2' | Bazuin 16' |
| Quint 3' | Scherp IV | Trompet 8' |
| Octaaf 2' | Cornet IV discant | |
| Terts 1 3/5 | Dulciaan | |
| Mixtuur IV-VI | ||
| Trompet 8' |
Manuaalomvang: C - f''', Pedaalomvang: C - d', Tremulant Rugwerk
Koppelmanuaal Bas/Discant, Koppel Ped - HW, Koppel Ped - RW
Stemming: Werckmeister III
In het koor van de Jacobskerk staat een Metzler koororgel (1972):
De dispositie van dit Metzler (1972) orgel is als volgt:
Gedekt 8'
Prestant 4'
Fluit 4'
Octaaf 2'
Quint 1 1/3
Manuaalomvang: C-d'''
Stemming: Werckmeister III
In de Zonnebrinkkerk vinden we een Pels & van Leeuwen-orgel:
De dispositie van het Pels en van Leeuwen (1981) orgel is als volgt:
| Hoofdwerk | Rugwerk | Pedaal |
| Prestant 8' | Prestant 8' (discant) | Subbas 16' |
| Roerfluit 8' | Holpijp 8' | Gedekt 8' |
| Octaaf 4' | Gedekt fluit 4' | Octaaf 4' |
| Fluit 4' | Woudfluit 2' | Fagot 16' |
| Octaaf 2' | Quint 2 2/3 (discant) | |
| Mixtuur | Sesqualialter (discant) | |
| Trompet 8' | Dulciaan 8' | |
| Tremulant |
Manuaalomvang: C - g''', Pedaalomvang: C - f'
Koppelmanuaal, Koppel Ped - HW, Koppel Ped - RW
Tot slot heeft de Protestantse Gemeente te Winterswijk nog een uniek kistorgel (2001) van bouwer Martin Butter in haar bezit. Dit orgel doet dienst in beide kerken, vaak in combinatie met één van beide cantorijen en kan dus beschreven worden als 'een reizend orgel':
De dispositie is als volgt:
Fluit 8'
Fluit 4'
Manuaalomvang: C - D - c'''
Transponeerbaar klavier a'=415 Hz./440 Hz.
